도쿄 교외의 조용한 지역에 이름 없는 수수께끼의 도서관이 있다. 굳이 이름을 붙이자면 ‘밤의 도서관’이라고 할까. 오후 7시부터 자정까지만 문을 열고, 죽은 작가들의 책만 모여 있는 이른바 책의 박물관 같은 도서관이다. 이곳이 더욱 특별한 이유는 『빨강머리 앤』에 나오는 소박하지만 깊은 맛이 나는 버터오이샌드위치나 다나베 세이코의 소설에 등장하는 달고 짭짤한 정어리찜같이 실제로 책에 등장하는 요리를 야식으로 먹을 수 있다는 점이다.

밤 열 시 즈음이 되면 이곳에서 일하는 사람들은 작은 식당에 삼삼오오 모여 야식을 먹는다. 좋아하는 일을 계속하고 싶지만 현실과의 괴리에 의기소침해진 오토하, 예전만큼 즐겁게 책을 읽지 못하게 된 마사코, 책에 대한 열의도 별로 없고 책을 대하는 동료들과의 온도 차이를 느끼는 미나미……. 모두 작은 비밀을 간직한 채 고민하지만 전부 말하지 않아도 괜찮다. ‘밤의 도서관’에서는 적당한 거리를 두고 맛있는 음식을 먹으며 이야기하고 싶은 밤을 마음껏 보낼 수 있다. ‘생각할 시간이 많은’ 직장에서 천천한 하루를 보내는 한편, 아무도 본 적 없는 도서관 오너의 정체나 매일 밤 도서관에 방문하는 할머니, 유명 작가의 죽음을 둘러싼 비밀 등 미스터리한 일들이 조금씩 발견되는데…….