<도서관의 악몽>은 제목에서 유추할 수 있듯 행복도서관에서 벌어지는 악몽 같은 스토리를 담고 있다. 오늘은 12월 31일. 새로 온 ‘지’ 사서 선생님이 일을 하고 있고, 12시가 되자 계인이라는 아이가 찾아온다. <도서관의 악몽>을 빌리고 싶다면서.

사서 선생님이 이 책을 지하 서고에서 찾아와 대출을 해 주자마자 도서관의 악몽이 시작된다. 알고 보니 아이는 매해 12월 31일이면 도서관에 찾아와 12시 31분에 <도서관의 악몽>을 빌렸던 것이다. 그때 도서관은 간판의 글자가 떨어지고 내부는 난장판이 되어 질서를 좋아하는 사서 선생님에게 정말 악몽 같은 순간을 선사했던 것이다.

사서 선생님은 이 대혼란을 해결하기 위해 공부를 한다. 그리고 아이가 빠져들 수밖에 없는 10권의 책을 선정한다. 과연 다시는 도서관의 악몽이 되풀이되지 않을 방법이 있을까? 계인이가 행복도서관을 두 번 다시 엉망으로 만들지 않을 사서 선생님의 묘책이 시작된다.