나쓰키 린타로는 어릴 때 부모님이 돌아가시고 고서점을 하는 할아버지와 단둘이 살고 있는 평범한 고등학생이다. 그런데 학교에 가지 않고 서점에 틀어박힌 채 하루 종일 책만 읽는다. 책이 유일한 친구인 그에게 일생일대의 변화가 찾아오는데, 사랑하는 할아버지가 갑작스레 돌아가신 것이다. 린타로는 가족을 떠나보낸 마음을 미처 수습하기도 전에 고모의 결정대로 서점을 정리하기로 한다.

할아버지와 함께 꾸려가던 서점은 비록 유행하는 베스트셀러도 없고, 인기 있는 만화나 잡지도 없지만, 이 세상의 웬만한 고전들은 대부분 구할 수 있는 곳이었다. 어렵고 방대한 장서를 자세히 설명해주는 안내인 덕에 린타로의 고등학교 선배 아키바 료타, 같은 반 친구 유즈키 사요처럼 단골손님도 끊이지 않았다. 나쓰키 서점은 집에 틀어박히기 일쑤인 외톨이 소년에게 귀중한 안식처였는데…….